修改后的行政许可法草案保护被许可人的合法权益。草案规定，公民、法人或者其他组织依法取得的行政许可受法律保护，行政机关不得擅自改变已经生效的行政许可。行政机关违法实施行政许可，给申请人、利害关系人的合法权益造成损害的，应当依法给予赔偿。
在22日举行的十届全国人大常委会第四次会议上，全国人大法律委员会副主任委员乔晓阳向会议报告了行政许可法草案的审议结果。他说，有些常委会委员提出，草案对行政许可的设定和实施规定得比较明确，但对被许可人合法权益的保护规定得不够充分，应当加以补充。有些常委会委员建议增加规定，行政机关违法实施行政许可，给当事人造成财产损失的，应当承担赔偿责任。据此，法律委员会建议充实这方面的内容，对草案有关条款进行了修改。
修改后的草案规定，设定和实施行政许可，应当遵循公开、公平、公正的原则。有关行政许可的规定应当公布；未经公布的，不得作为实施行政许可的依据。行政许可的实施程序和结果应当公开。符合法定条件、标准的，申请人有依法取得行政许可的平等权利，行政机关不得予以歧视。